1998年，在USEA大陆东北的North Point编号为NA-P2700的军队发生了叛乱，他们攻占了政府中心，抓住了在政府中心举行会议的各国首脑，并策划袭击整个USEA大陆。由于联合部队已经分散在大陆各地，部队总部召集了前作中的雇佣兵的战术打击力量：Scarface中队。玩家继续扮演Scarface中队的长机飞行员Scarface 1，与NA-P2700对抗。 Scarface中队首先抵挡了USEA叛军对大陆西南部Twinkle群岛的轰炸，击落了叛军的预警机中队，随后向大陆推进夺取了大陆西南海岸的各个重要港口，包括工业重地Axel港口城市。随后Scarface中队又占领了大陆东南部的Scofield Plateau兵器生产基地和东南部海域上的Comona岛航天中心。 随后Scarface中队向大陆内部挺进，Scarface 1先后夺取了Chopinburg森林、Waiapolo山区的水力发电厂。 之后，Scarface中队兵分两路，东部战线上拿下了Rocky群岛和Petrol海岸，西部战线中夺取了White Valley空军基地和北部的冰原地带。 随后的大战发生在Edwards海港城市，经过一夜的激战，Scarface中队取得了Edwards海港城市的制空权。 最后在Saint Ark港湾城市（疑似为North Point的首都）摧毁了叛军的总司令部，解救了各国元首。 不过战争还没结束，Scarface 1在Saint Ark附近海域成功拦截了叛军的远程巡航导弹。最终在大陆东北端的North Point彻底消灭了叛军NA-P2700，平息了叛乱。 战争结束后，由于连续的军事行动，联合部队中位于USEA大陆最西端的Erusea国的军事实力大大提高，打破了USEA大陆上的势力平衡，这也成为了6年后爆发的USEA大陆战争（即续作《皇牌空战4》的故事）的一大原因。