宇宙から落下した謎の隕石を調査に向かったロックマン。しかし、そこにはワイリーがやって来ていた。巨大な力を秘めた悪のエネルギーを軸に、宇宙から落ちてきた謎のロボットのデューオとワイリーの野望をめぐる戦いが繰り広げられる。