《新纪幻想 圣魔之魂ⅱ》的故事发生在 idea factory 公司多个不同游戏系列共通的世界「ネバ`ランド」中，时代背景为魔导世纪1053年。世界宠罩在魔皇军暴虐无道的统治之下，这样的日子持续了数年之久。直到魔导世纪1053年，在一个一片碧绿的小村里，发生了一段惨烈的悲剧。以这个事件为导火索引发了全世界的战乱，人类开始开始对魔族进行反击，由此爆发了被称为“大魔王复活战争”的第三次never land大战「七年战爭」。
　　游戏中玩家要在大地图上移动，有事件发生的据点会以「event point」表示，移动到那里就会有事件发生。玩家也可以移动到没有事件的地方进行反覆战斗获取经验值和钱。战斗方面每个角色都设有ap值，消费ap值就可以进行各种行动。利用击倒敌人之后所取得的点数，来提升道具的强度，为了取得道具，仔细探索地图上的各个角落。游戏中除了可以透过村人而得知隐藏道具的地点以外，通过关卡的方式或者透过破坏某些对象，有时还有可能可以发现新的迷宫!随着游戏的进行，在本游戏之中最多可以操控「帝国军」、「皇国军」或「解放军」等三个队伍来进行游戏，甚至是改变整个 never l的历史。