本作是在1997年至2000年于PS发售的《秘密基地》三部曲的3DS版。玩家作为一名秘密基地的司令官在地底下秘密基地里面召集各方科学家，并且在里面开发、发售商品。玩家就需要利用获得的资金建造“陷阱”与“炮台”等来强化秘密基地。 在研究室中可以进行改造手术制作怪人或者勇者，制作的机器人、怪兽、战斗机将会收藏在仓库之中，在有需要时就可以出击迎击敌人了。